域名区别
手机网站是必须要借助域名才能打开，而小程序是不需要域名的，小程序主要运行在特定的移动APP上，我们通过搜索或者是收藏就能打开，而不需要借助域名在浏览器中打开，它更像是一个缩小版的APP应用。
平台区别
手机网站只要有浏览器都能够浏览，面向的全网,可以面向各个开放的搜索引擎进行优化，让不同的搜索引擎来收录我们的手机网站，具有开放性，而小程序是运行在APP应用之内，只有一些巨型的APP才会有小程序，比如微信百度支付宝，小程序的主要目的是为了拓展APP功能，让用户能够更加灵活的创建自己的应用，所以小程序只会在特定的APP应用内进行浏览，服务于某一个平台用户，不具备手机网站的开放性。
建立方式区别
手机网站搭建需要域名、服务器、网站源码，而小程序的搭建首先需要通过不同平台审核，对于设计和内容有着严格的规范，小程序更注重于精细化的运营，针对特定的用户服务，而手机网站由于面向平台广泛，对于搭建的方式和审核没有严格的要求。
